Das Gesamtwerk von Peggy und Thomas Henke befindet sich im KULTUMuseum Graz (A) sowie im Wolfgang-Bonhage Museum Korbach.

Das künstlerische Gesamtwerk von Thomas Henke sowie das gemeinsame Werk von Peggy und Thomas Henke befindet sich in der Sammlung des Museums für Gegenwartskunst und Religion Graz (KULTUMuseum). Einzelne Werke können über das KULTUMuseum für Ausstellungen und Präsentationen angefragt und ausgeliehen werden.

Das Filmarchiv des gebürtigen Korbachers Thomas Henke ist auch Teil der Sammlung des Wolfgang-Bonhage-Museum Korbach. Im Rahmen einer umfangreichen Dauerausstellung präsentiert das Museum eine große Auswahl von Filmen und Installationen aus Peggy und Thomas Henkes filmkünstlerischer Arbeit. Neben den filmischen Werken zeigt das Museum umfangreiche Projektdokumentationen, Modelle und Publikationen Henkes.

Einzelwerke befinden sich in zahlreichen Sammlungen im In- und Ausland.